Михаил Васильевич родился в с. Великая Губа Медвежьегорского района Республики Карелия в 1954 году. В 1983 году окончил Петрозаводский государственный университет им. О. В. Куусинена по специальности «История». Большая часть его трудовой биографии связана со сферой культуры, он руководил музеем-заповедником «Кижи», Соловецким музеем-заповедником. С ноября 2005 года по февраль 2007 года Михаил Лопаткин возглавлял музей «Малые Корелы».
Михаил Васильевич имел многочисленные благодарности за свою работу, в том числе от Министерства культуры РСФСР (1990). В 1996 году ему было присвоено звание «Заслуженный работник культуры Республики Карелия».
Михаил Лопаткин будет похоронен на Соловках.
Директор музея «Малые Корелы» С. Г. Рубцов и коллектив учреждения выражают искренние соболезнования родным и близким покойного!
